A CPA é uma Comissão Independente, constituída por representantes dos segmentos acadêmicos e da comunidade externa, que coordena o processo de auto-avaliação institucional, realizada anualmente, visando estabelecer o controle e as melhorias da educação oferecida pela UNEF, norteando o (re)planejamento das ações que viabilizem o crescimento e fortalecimento por todas as IES.
A partir da organização de encontros com os segmentos acadêmicos representativos, objetivando divulgar as linhas de ação do CPA, apresentando os resultados das avaliações internas e externas e destacando os eixos básicos das diretrizes estabelecidas pela lei do SINAES. Dessa forma, se estabelecem estratégias de superação das fragilidades e se sugerem potencialização dos pontos fortes identificados.